monto de facturas no coincide con monto de pagos

Buend dia lic.
1.-que pasa con las facturas que tienen descuentos ejm Bs 55200 total, pero con los descuentos el neto es 49550. esta OPERACIÓN es bancarizable?? considerando que el pago en efectivo es menor a 50000 bs
2.- los pagos que realizan las entidades publicas a TRAVÉS del sigep, a que tipo de pago corresponden??, ademas estos pagos solo se puede verificar en nuestra cuenta como podriamos determinar el n° del doc. de pago ? como RESPALDARÍA esta OPERACIÓN